L'histoire tourne principalement autour de Nakoruru et de ses idéaux humanistes : elle croit que toute personne ayant un cœur a le droit de vivre en paix. Shiki, bien qu'apparemment libre de l'influence de Yuga, est reconnue comme une menace pour le retour de la sorcière et c'est grâce au raisonnement de Nakoruru qui lui avait auparavant sauvé la vie de Haohmaru. Nakoruru la trouve et lutte ensuite pour la défendre pacifiquement de ses poursuivants, parmi lesquels Haohmaru, Galford et Asura.